中心围绕三大研究方向，构建了15个技术群，建立了由“方向负责人+技术群责任人+科研骨干+辅助人员+研究生”构成的衔接有序、结构合理、具有活力的研发团队。目前，工程中心人员总数为306人，其中：研究人员258人，占人员总数的84.3%，包括中国工程院院士1人、国家杰出青年基金获得者2人；博士、硕士83人，客座研究人员85人；产品开发、系统集成及工程技术人员占7.5%，管理人员占8.2%。
各研发团队主要负责人情况表（学术带头人）
| 序号 | 研发方向 | 核心技术群 | 负责人（学术带头人） | 职称 |
| 1 | 水资源高效利用 （方向负责人：张行南、肖舸） | 水文预报与库群调度技术 | 张行南、肖舸 | 教授/教高 |
| 水资源综合利用技术 | 赵云发、王建群 | 教高/教授 | ||
| 洪旱灾害防治技术 | 郝振纯 | 教授 | ||
| 长距离调水调度与控制技术 | 张健 | 教授 | ||
| 数字流域与智能管理技术 | 朱跃龙 | 教授 | ||
| 2 | 水工程建设与运行安全 （方向负责人：翟恩地、顾冲时） | 水电工程建设安全保障技术 | 李同春 | 教授 |
| 水工程安全监控与健康诊断技术 | 顾冲时 | 教授 | ||
| 岩土工程与地质灾害防治技术 | 翟恩地、徐卫亚 | 教授 | ||
| 水电站高效安全运行技术 | 郑源、胡伟明 | 教授/教高 | ||
| 河流水动力模拟及工程调控技术 | 唐洪武、戴会超 | 教授 | ||
| 水工程移民及社会经济评价技术 | 施国庆 | 教授 | ||
| 3 | 水环境与生态保护 （方向负责人：华祖林、陈永柏） | 水工程环境影响评价与调控技术 | 华祖林 | 教授 |
| 水污染治理技术 | 操家顺 | 教授 | ||
| 水生态修复与保护技术 | 陈永柏、谢悦波 | 教高/教授 | ||
| 淤泥与污泥资源化技术 | 朱伟 | 教授 |
